1、在采购环节
三只松鼠通与农户、合作社等进行对接，与核心产区供应商建立长期合作等。实现了对原材料质量以及采购价格水平更充分的把控，巩固了休闲食品产业平台发展模式的上游基础。同时，基于自主开发的运营管理信息系统进行订单处理，通过更精确的销售预测将预估订单与上游供应商采购相结合，提升了采购效率。
从质量管理角度，制定供应商目录及完善的更新淘汰机制，对现有及新增供应商进行动态管理。对于新开发供应商，制定了严格的筛选标准以及相应的供应商开发及流程管理制度，如供应商实地考查制度等。同时，对于合作加工厂商，在原料采购等环节进行监督，合作加工厂商的生产标准也必须严格按照规定执行。
2、在生产环节
通过委派质量控制人员驻场把控以确保合作加工生产过程的透明性，并借助远程视频监控等方式进行实时监督。在流程监控上，公司要求合作加工厂商填写过程监控供应流程表和参数记录表，并在发货时提供相关记录，此外公司还会对供应商进行例行和突击检查。
3、在仓储和配送环节
坚持对仓储环节的自主把控，以对原材料、半成品及成品仓储实施更精细化的管理。借助信息化平台优势对库存数据及订单信息进行实时监控，精准掌握库存需求，将存货周转天数维持在较低水平。在仓储设施方面，针对坚果、干果等产品特点，有效把控温度及湿度环境，最大程度保障产品品质和新鲜度。
截至 2018 年底，以自有或租赁方式设有 9 个配送中心（城市仓），通过与第三方仓配服务商合作建立 16个合作仓，并通过公司的物流合作伙伴，实现了全国市场覆盖。凭借高效的订单汇集处理、分拣打包以及和第三方物流服务商的协同，有效提升配送时效，为消费者提供便捷的在线购物体验。
从质量管理的角度，在物料入场、仓储、生产、物流抽检、客户反馈等环节设置监控节点，并利用云质量信息化平台进行全过程追溯。例如，若终端客户发生投诉，则公司可追溯至相关环节，找到问题根源，通过该等反向追溯的方式对相关薄弱环节进行倒逼改善，将发生问题的概率及潜在影响降到最低。
值得一提的是，早在2014 年三只松鼠就成立了全资子公司安徽中创食品检测有限公司，负责来货的日常抽检、留样抽检、车间卫生指标抽检、送第三方抽检等质量检测相关工作。 并根据中国计量认证标准建设检测实验室，设有精密仪器室、常规理化室、试剂室、天平室及微生物室等科室机构，并配备有超高效液相色谱仪、全自动凯氏定氮仪、超声波清洗机、倒置金相显微镜，已具备对重金属、农药残留物、微生物等指标的成熟的检验能力。